کود مرغی و گاوی از جمله کودهای آلی محسوب می شوند که اصولا جهت باروری و ایجاد تولیدات طبیعی در آب محیط پرورشی استفاده می گردند. مصرف آنها توام با کودهای غیرآلی موجب تولید پلانکتون ها، کفزیان، موجودات گیاهی و جانوری می شود که هر کدام بخشی از غذای ماهیان را تشکیل می دهند.

درباره مصرف کود مرغی نظر بر آنست که ماهی کپور معمولی از فضولات مرغ استفاده نمی کند بلکه در محوطه دهانی خود در هنگام بلع، دان های موجود در فضولات (کود) را گرفته و به تغذیه می رساند و باقیمانده آن را دوباره به پیکره آبی (water body) برمی گردانند. این یک باور ذهنی و فرض محسوب نمی شود بلکه باید به عنوان یک اصل پذیرفته شده تلقی گردد. زیرا ماهی با خوردن اجباری بخش کمی از کود و انتخاب دان های موجود در آن، جمعیت باکتریایی و تک یاختگانی را که در کود و به تبع آن روی دان های پرت شده در سیستم پرورش طیور گوشتی به روش زمینی یا بستر (deep litter)، وجود دارند مصرف می کند. این موضوع بیشتر در مورد کپور معمولی و تا حد کمی در مورد آمور که درصورت عدم سیری از دان های موجود در کود در صورت عدم سیری تغذیه می کند صدق می نماید. اما کپور نقره ای می تواند از ذرات کودی که سایز آنها متناسب با قابلیت پالایش توسط خارهای آبششی ماهی است استفاده نماید.

هرچند از مفید بودن بسیاری از باکتری ها نمی توان به آسانی صرف نظر کرد اما باید عنوان داشت که با ریختن کودهای حیوانی به صورت سرک در آب محیط پرورشی ریسک ابتلا به تک یاختگانی همچون سارکوماستیگوفورا (تاژک داران) مانند Ichthyobodiosis که توسط تک یاخته کاستیانکاتریکس از راسته retortamonadida و یا کریپتوبیازیس از راسته Kinetoplastida و یا خطر ابتلا به سیلیوفورا (مژه داران) مانند ایکتیوفتیریازیس که توسط تک یاخته مژه دار Ichthyophthirius multifiliis از زیررده Holotrichia و یا Chilodonellasis که توسط تک یاخته مژه دار C. cyprini و C. hexastica و یا Trichodiniasis از پریتریشاها و یا خطر ابتلا به تک یاختگان هاگدار (sporozoa) مثل Eimeria که مسبب بیماری کوکسیدیوزیس است را افزایش می دهیم.

علاوه بر حضور احتمالی هر کدام از پروتوزوآهای موجود در کودهای حیوانی به ویژه در کودهای مرغی، موجودات دیگری نظیر ساس ها (Cimex lectularius)، مگس های سیاه (black flies)، شپشهای گزنده (biting lice)، کنه های مرغی (fowl ticks)، سوسک بستر (Alphitobius diaperinus) وجود دارند که می توانند ناقل عوامل پاتوژن (بیماریزا) در جمعیت ماهیان پرورشی محسوب شوند. بطور مثال بسیاری از کرمهای پهن (flat warms) توسط حشرات و سوسکها که در کودهای حیوانی موجود در مزرعه فراوان هستند، انتقال می یابند که می توان به آلفیتوبیوس دیاپرینوس (سوسک بستر) موجود در کف مرغداریها اشاره کرد.

با همه اینها به هیچ وجه نمی توان بدون استفاده از کود های آلی در طول دوره پرورش به رشد مطلوب دست یافت . در سال 1977 راپاپورت و همکارانش فراوانی فیتوپلانکتون ها در آب و لارو شیرونومیده را در گل استخرهایی که انواع مختلفی از کود را دریافت کرده اند مورد بررسی قرار داده اند که نتایج آنها بدین قرار می باشد:

با توجه به جدول بالا می توان پی برد که کودهای حیوانی بخصوص کود مرغی در تولیدات طبیعی استخر بیشتر از کودهای شیمیایی موثر هستند و نمی توان هیچ گاه از مزایای آنها چشم پوشی کرد.

در خبرنامه دانشگاه ویرجینیای غربی آمده است که هم اکنون در آمریکا کود مرغی را درون کیسه هایی ریخته و در نقاط مختلف استخر بطور معلق نگاه می دارند. کود مرغی هنگامی که در گونی های ریز بافت سالم و یا پارچه های محکم با ضخامت کم و بطور معلق در محیط آبی استخرهای پرورش قرار گیرد به مرور زمان موجب غنی سازی آب محیط پرورشی شده و نسبت به زمانی که به طور سرک در استخرها ریخته می شود کاهش [BOD] و افزایش اکسیژن محلول (DO) را به دنبال دارد. در اکوسیستم های آبی افزایش اکسیژن مورد تقاضای بیوشیمیایی موجب کاهش اکسیژن محلول (DO) در آب می گردد.

کودهای حیوانی به عنوان خوراک برای ماهیان پرورشی دارای ارزش کمی هستند ولی برای غنی سازی استخر فوق العاده اهمیت دارند. در مورد کود گاوی با بررسی هایی که توسط راپاپورت و همکارانانش به عمل آمده نتیجه گیری شد که کود گاوی تازه به صورت جامد بر روی تولید کپور اثر منفی دارد.

اگر از کودهای آلی بیش از معمول استفاده شود روند تجزیه که معمولا در کف استخر روی میدهد حالت غیر هوازی پیدا می کند که اکثرا چنین وضعیتی بدلیل پایین آمدن فشار هوا ایجاد می شودو در نتیجه سطح اکسیژن محلول در آب کاهش یافته و موجب تولید گاز متان، آمونیاک و هیدروژن سولفوره می شود که این مواد شیمیایی سمی می توانند موجب مرگ و میر ماهیان شوند. در صورت استفاده ی بیش از حد از کودهای آلی تغییرات زیاد PH به صورت غیر منطقی و نا منظم در استخرها مشاهده خواهد شد. کمترین مقدار BOD وCOD در کود گاوی مشاهده می شود و تعداد باکتری در کود گاوی بیش از سایر کودهای آلی است.

استفاده نامناسب از کودهای حیوانی باعث ایجاد مشکل رشد بیش از حد جلبکهای کفزی و آلودگی باکتریایی و میکروبی می گردد.

با توجه به مطالب ذکر شده باید عنوان کرد که کودهای آلی علاوه بر مزایای فراوان در صورت استفاده نامناسب می توانند مشکلات زیادی را برای مزارع پرورش ماهی گرمابی ایجاد نمایندکوددهی و تغذیه در آبهای پرورش ماهی باید با توجه به پارامترهای فیزیکوشیمیایی آب انجام گیرد تا بهترین برداشت ماهی از مزارع صورت گیرد.