استخرهای آبراهه ای واحدهای پرورشی هستند که در آن ها آب دائماً در جریان است و قبل از تخلیه از داخل واحد یک گذر کامل انجام می دهد. این سیستم ها را سیستم های با گذر جریان نیز می گویند. زمان ماند آب در یک آبراهه بسیار کم است و معمولاً بر خلاف استخرها که زمان توقف در آن ها ساعت ها و روزها بطول می انجامد؛ در این سیستم ها به چند دقیقه می رسد. در امریکا استفاده از آبراهه ها به طور سنتی برای پرورش ماهیان آزاد به کار می رود. ولی سایر گونه ها (یعنی گربه ماهیها، نرم تنان و کلامها) نیز در درجات پایین تر در آبراهه ها پرورش داده می شوند.
 
کشت در استخر های آبراهه ای به مدت دهها سال برای تکثیر به کار می رفت و دلایل خوبی نیز برای این کار وجود داشت . مدیریت عوامل زیست محیطی (یعنی کیفیت آب، دمای آب و....) و کمیت آب در این سیستم راحت تر از استخرها صورت می گیرد. آب جاری در داخل آبراه فضولات را شسته و خارج می نماید. آب جاری همچنین ماهی را مجبور به تحرک بیشتر می نماید . مطالعات نشان داده است که ماهیان پرتحرک هنگام ورود به آب های آزاد میزان بقاء بیشتری از خود نشان می دهند (Wheaton ,1977). عمق کم آب در آبراهه های مشاهده چشمی را ممکن می سازد لذا مشکلات مربوط به تلفات و امراض ماهیان سریعاً رفع می گردد و بالاخره عملیات غذادهی و صید ماهی در سیستم های آبراهه ای بسیار ساده است . اصلاح تغذیه و کنترل امراض در سیستم های آبراهه ای بسیار ساده تر از استخرها و سیستم های باز انجام می گیرد . اما در ابعاد منفی و معایب این سیستم ، معمولاً در آبراهه ها ، به علت تراکم کشت ماهی ، خطر شیوع بیماری به خاطر فشارهای وارده به ماهیان در اثر محدودیت و ازدحام افزایش می یابد و نیاز به مهارت های مدیریتی بالاتری وجود دارد.

جوی های آب برای فراهم کردن یک سیستم هدایت جریان برای پرورش جمعیت های فشرده تری از حیوانات طراحی می شوند. جریان فراوان آب با کیفیت مطلوب ، اکسیژن دهی شده برای فراهم کردن نیازهای تنفسی و شستن زایدات متابولیکی ، مخصوصاً آمونیاک ضروری است. نرخ ویژه مورد نیاز برای رفع مصرف اکسیژن موجودات و شستشوی متابولیت ها می تواند بر مبنای دما و غلظت اکسیژن آب ورودی و مصرف اکسیژن و دفع آمونیاک ـ نیتروژن از موجودات زنده در جوی آب تعیین شود. با وجودیکه جوی های خاکی آب گاهی مورد استفاده قرار می گیرند و اکثر آن ها از قبل مسطح یا بلوک های سیمانی ساخته می شوند(تصویر شماره 13 و 14) جوی های خاکی آب برای کاهش افت آب از طریق نشستی می تواند با مواد پلاستیکی پوشانده شود. مانند مزارع پرورشی انتخاب مکان برای یک مزرعه جوی آبی باید با مراقبت ویژه بدست آید.

(تصویر شماره 1 )یک طرح ساده سیستم آبراهه ای را نشان می دهد. در عمل آب ورودی معمولاً قبل از ورود به سیستم نیاز به تصفیه ابتدایی دارد. تصفیه ابتدایی ممکن است چیزی غیر از رسوبگیری نباشد و یا ممکن است شامل ترکیبی از چند عمل مثلاً هواددهی ، تنظیم دمای آب ، گاززدایی یا عبور از صافی باشد. متناسب با کیفیت پساب ، آب خروجی نیز قبل از تخلیه به محیط زیست نیاز به تصفیه انتهایی دارد.


 

تصویر شماره 1: سیستم آبراهه ای یکبار گذر : الف) بدون تصفیه ب) با تصفیه ابتدایی و هوادهی ج) با تصفیه ابتدایی و انتهایی


تاسیسات مربوط به مزارع آبراهه ای می توانند هم به صورت ردیفی (تصویر شماره 2) و هم به صورت موازی (تصویر شماره 3) آرایش داده می شوند. سیستم های ردیفی در مناطقی در مناطقی احداث می گردند که شیب زمین طوری باشد که خروجی یک استخر بتواند به عنوان ورودی برای استخر بعدی قرار گیرد.

شیب در حدود 1-2 درصد برای جریان مطلوب آب؛ کافی ارزیابی شده است (Pillay, 1990). انباشته شدن فضولات در سیستم های ردیفی یک مشکل جدی است چون فضولات از واحد بالادست وارد واحد پایین دست خواهد شد. با جریان دائمی آب از داخل مجموعه مقدار فضولات نیز افزایش می یابد. به همین دلیل طول آبراهه ها و تعداد آن ها در یک ردیف دارای محدودیت عملی است . مشکل فضولات با آرایش دادن آبراهه ها به صورت موازی کاهش می یابد. در این جا نمایی هیچ آبراهه ای در پایین دست وجود نداردکه فضولات واحدهای بالادست وارد آن شود. بنابراین انباشته شدن فضولات و مشکلات هواددهی کاهش می یابد ولی مقدار آب لازم به نسبت تعداد آبراهه ها افزایش می یابد. بنابراین در صورت تأمین آب توسط تلمبه هزینه های بهره برداری در آرایش موازی بسیار بالا خواهد بود.